Вопрос 1: Есть ли функция, которая переместит файл?
Вопрос 2: это будет занимать много времени в php?
Вопрос 3: есть ли лимит на перемещение, или это уже зависит от самой ОС?
Буду благодарный за советы.

1) rename
2) хз. смотря сколько файл весит.
3) не знаю.

Для перемещения можно использовать функцию
http://php.su/functions/?rename

Все функции, нужные для работы с фс
http://php.su/functions/?cat=filesystem
Добавлено спустя   1 минуту  34 секунды:
Вобще php с файлами вроде быстро шуршит, если не много надо, получается даже быстрее чем с мускулом, ибо времени на запрос не нужно :)

Ладно, всё ведь проверяется экспериментальным путём, ага?;)

Nbbt, не на запрос, а на соединение с сервером СУБД.

я с пхп.нет скачал мануал по пыху а там написано что эта функция переименовывает файлы ((( хотя в примере стоит вроде как перемещение и переименование...

перемещение = переименовывние по сути ведь

Вот это я протупил! Ведь файл при переименовании не изменяет свое положение на диску, а просто меняет свой индекс, что ведь не значит перемещение самого файла, и выходит, что переноси хотя бы 1 кб, хоть 100 мб-разницы нет. Так ведь?
В следствии эксперимента-1000 переименований 60 мб файла заняло около 2 секунд на винде.
Так что...:)

Акдмех зачод! Я почему то не подумал что на серваке та же система. Подвело название функции ))) Воспринял ее буквально