Ломаю голову над таким вопросом. Как будет лучше. Когда все файлы в одной папке или когда разделены по папкам? Есть вообще разница? И еще вопрос. Слышал где-то, что есть шелл с расширением .gif так вот вопрос, если у меня, скрипт который берет фотку и режет ее по определенным размерам, возьмет этот шелл, он его выполнит?

Тут в скриптах лежит этот шелл. На самом деле угрозы в себе он практически не несет. Проблемы могут возникнуть только если не определить MIME тип для файлов с расширением gif. А это могут сделать только отьявленные долбоебы.
Насчет файлов, вопрос не очень хорошо сформулирован. Все зависит от конкретного случая. Если файлов всего намечается 10-20, то разбивать их поп апкам нет необходимости, в большинстве случаев. Если файлов много, то нужно раскидывать по папкам.

А mime можно же чтобы только в корневом .htaccess были прописаны?

нет. почему. httpd.conf или .htaccess, относящийся к данному файлу.

Ну а только в корневом можно?

нет.

Так это нужно в каждую папку одинаковые .htaccess кидать? Я почему то думал если в корень сайта кинуть, то будет действовать на всем сайте

бляяяя...

Gemorroj написал:

.htaccess, относящийся к данному файлу.

Чет, я не догнал, для каждого файла фигрить по .htaccess у?

кинь один htaccess - и всё будет нормально!
Только пропиши в нём всё.
Пример .htaccess посмотри в теме Геморроя - он написал.